일러파일의 버전과 레벨을 확인해보셨습니까. 레벨 3로 맞춰서 재저장을 한번 해보거나 복잡한 일러스트가 아니면 8.0으로 낮춰서 해보세요. 그래도 안나온다면 그부분이 출력방지가 되어있는지 확인 바랍니다. 

일러파일이라면 overprint체크 하신듯한데요... 가끔 체크된경우 인쇄에선 사라집니다.